Como é feito o mapeamento para descoberta de novas cepas do Sars-CoV-2 no Brasil

O país sequenciou cerca de 2,2 mil genomas até o momento, o que corresponde a apenas 0,02% de todos os 7,6 milhões de casos confirmados da doença no território

Ilustração em 3D mostra formato de partícula do novo coronavírus
Ilustração em 3D mostra formato de partícula do novo coronavírus Foto: Viktor Forgacs / Unsplash

Jéssica Otoboni,

da CNN, em São Paulo

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Com a identificação de uma quantidade cada vez maior de linhagens de mutações do vírus Sars-CoV-2, causador da Covid-19, no Brasil e no mundo, aumentam as preocupações com relação à periculosidade da doença e à eficácia da vacina. Especialistas afirmam que a população não deve ter medo e garantem que os imunizantes seguem seguros.

Estudos preliminares indicam que algumas cepas, como a identificada dias antes do Natal no Reino Unido (B117) – e detectada no Brasil nessa quinta-feira (31) –, podem ser mais contagiosas, mas não necessariamente mais perigosas, letais ou resistentes à vacinação. 

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Em entrevista à CNN, Paola Cristina Resende, pesquisadora em Saúde Pública do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), pontuou que o surgimento dessas variações não pode ser algo que assuste a população.

“Não há indícios de que as cepas circulantes irão permitir o escape da resposta imune.” 

Mas para chegar a essas conclusões, é preciso estudar o vírus e sua estrutura. Para isso, os pesquisadores realizam um sequenciamento genético dos genomas do novo coronavírus e mapeiam o surgimento de mutações.

Compartilhamento de informações

Resende conta que o laboratório da Fiocruz é uma referência para o Ministério da Saúde e para a Organização Pan-Americana da Saúde (Opas), um braço da Organização Mundial de Saúde (OMS) nas Américas, e que o local já analisava de forma semelhante os vírus Influenza (da gripe). 

“Todos os anos, por volta de agosto, reportamos ao Ministério da Saúde e à OMS as cepas da Influenza que circulam pelo país”, disse ela.

“Com a Covid-19, nosso laboratório começou a se articular. Temos outros dois centros que também fazem sequenciamento de genoma, os institutos Evandro Chagas, em Belém, e Adolfo Lutz, em São Paulo.”

Um grande aliado dos pesquisadores do mundo todo nesse trabalho é a Iniciativa Global de Compartilhamento de Todos os Dados de Influenza (Gisaid, em inglês), uma plataforma de compartilhamento de informações genômicas sobre alguns vírus, como Influenza e Sars-CoV-2.

A Fiocruz passou a integrar a iniciativa no final de setembro. Na época, mais de 125 mil sequências genômicas virais do novo coronavírus já haviam sido compartilhadas na Gisaid.

Ranking de sequenciamento

As variações do SARS-CoV-2 são classificadas em linhagens conforme as diferenças que apresentam no material genético.

De acordo com o Centro Brasil-Reino Unido de Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (Cadde, em inglês), foram detectadas mais de 800 linhagens desde o início da pandemia em todo o mundo.

Por aqui, foram identificadas 48 linhagens provenientes de diversas partes do globo, principalmente da Europa.

Mas como o número de análises é muito pequeno em relação ao total de pacientes infectados, pode haver mais mutações do que se sabe circulando entre a população brasileira.

O Reino Unido é um dos líderes no sequenciamento de genomas. O país, que conta com mais de 2,4 milhões de casos confirmados de Covid-19, já sequenciou cerca de 157,4 mil amostras, informou o Consórcio de Genômica de Covid-19 do Reino Unido (COG-UK).

O valor corresponde a cerca de metade dos sequenciamentos realizados em todo o mundo, segundo a rede britânica BBC.

O Brasil, por sua vez, sequenciou cerca de 2,2 mil genomas até o momento, informou Resende – o que corresponde a quase 1,4% dos sequenciamentos feitos pelos britânicos e a apenas 0,02% de todos os 7,6 milhões de casos confirmados da doença no território brasileiro. 

Um levantamento feito pelo jornal norte-americano The Washington Post e divulgado na semana passada (com base nos dados da Universidade de Medicina Johns Hopkins obtidos na ocasião) mostra que a Austrália é o país que sequenciou mais genomas em relação ao número de casos de Covid-19 registrados no país: 58,6% dos 28,3 mil diagnósticos positivos da doença. 

O Reino Unido estaria em oitavo lugar, sequenciando 7,4% dos 2,1 milhões de casos, e os EUA, em 43º, sequenciando 0,3% dos 18,2 milhões de casos.

Importância do sequenciamento

Especialistas ressaltam que é importante seguir com os sequenciamentos, e quanto mais deles forem feitos, mais detalhes se terá sobre o vírus.

Além de poder identificar as mutações, sequenciar esse material permite ter mais conhecimento sobre as rotas de circulação do vírus nos países, por exemplo.

O diretor médico da rede de medicina diagnóstica Dasa, Gustavo Campana, exemplifica a importância desse trabalho ao citar o caso da variante do Reino Unido que foi detectada em São Paulo nessa quinta-feira (31).

Ele explica que, após as primeiras análises das amostras colhidas, os pesquisadores identificaram que duas delas apresentaram uma alteração relacionada ao gene S (proteína spike), o qual o vírus utiliza para infectar células humanas, o que levantou suspeitas dos cientistas.

Diante disso, a Dasa, que faz parceria com o Instituto de Medicina Tropical da Universidade de São Paulo (IMT-USP), realizou o sequenciamento completo e comprovou a presença da mutação.

Das 400 amostras do exame RT-PCR de saliva analisadas, 2 delas apresentaram a variante. Um desses pacientes teve sintomas da doença e não viajou ao exterior, porém teve contato com parentes que estiveram no Reino Unido.

“Sequenciamos por completo o vírus e comparamos o dado genético com as linhagens já identificadas. Verificamos que era igual à linhagem do Reino Unido”, afirmou Campana à CNN.

“Agora estamos cultivando o vírus no IMT para fazer exames e determinar os impactos, fazer testes de sorologia para verificar como o vírus vai se comportar e entender se ele pode apresentar perda de sensibilidade no diagnóstico, que é o chamado falso negativo.”

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Dados de institutos britânicos mostram que a variante apresenta um aumento de 0,4 no índice de transmissibilidade.

“Até agora foram identificadas 23 mutações nessa linhagem, 8 delas no gene S. Essa variante tem uma afinidade maior à célula, como se ela conseguisse intensificar a entrada na célula. Com isso, o vírus se replica mais, mas não significa que ele seja mais perigoso”, explicou Campana. 

“Pode haver outras dessas linhagens circulando por aqui, mas [para comprovar] é preciso fazer o sequenciamento”, disse o diretor.

Segundo ele, a Dasa realizou mais de 2 milhões de testes de diagnósticos em pacientes e, até agora, só encontrou mutações em 2 deles.

Amostras de qualidade

Aqui no Brasil, outro instituto que também realiza o sequenciamento é o Laboratório de Bioinformática (Labinfo) do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações.

Na semana passada, pesquisadores do grupo identificaram uma outra variante (B1128) caracterizada por até cinco mutações.

A análise foi feita a partir do sequenciamento genético de 180 genomas do Sars-CoV-2 provenientes de amostras do estado do Rio de Janeiro. Desse total, 38 apresentaram a mutação. 

Para fazer o sequenciamento, os centros especializados recebem as amostras de hospitais e enviam uma porcentagem delas para os laboratórios. Mas para que os genomas sejam sequenciados, essas amostras precisam ser de qualidade. 

À CNN, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, pesquisadora do LNCC e responsável pelo Labinfo, afirmou que apesar do trabalho contínuo, a quantidade de genomas sequenciados no Brasil ainda é pequena.

“É preciso sequenciar em várias regiões do Brasil e identificar as mutações que estão acontecendo no vírus”, disse ela.

Vasconcelos afirmou que também é necessário conduzir ensaios em laboratório para ver se o vírus está mais agressivo, analisar se a taxa de replicação dele está mais alta e acompanhar os próprios pacientes infectados.

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